Se anestesia la parte posterior de la garganta y se introduce a través de esta un catéter largo, flexible pero firme (llamado «sonda») el cual tiene en su extremo final un transductor de ultrasonido.

Un cardiólogo con entrenamiento especial guiará el endoscopio bajando por el esófago y dentro del estómago. Este método se usa para obtener una imagen ecocardiográfica más clara del corazón.

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El proveedor puede usar este examen en busca de señales de infección (endocarditis) o de coágulos sanguíneos (trombo) u otras estructuras o conexiones anormales.